An Bord des britischen Vermessungsschiffs "HMS Beagle" sticht Darwin am 27. Dezember 1831 von Devonport aus in See mit dem Ziel südlicher Pazifik. Schon von klein auf war Charles Darwin ein begeisterter Naturforscher. Er sammelte Insekten, Pflanzen, Früchte und fühlte sich unter freiem Himmel wohler als in Gesellschaft.
Die Reise zur südlichen Hemisphäre führt über Brasilien und Patagonien zur Pazifikküste Südamerikas. Auf dieser Weltumsegelung sammelt und katalogisiert Darwin Fossilien, die entgegen seiner Erwartung von Arten stammen, die auch heute noch in Südamerika vorkommen. Darwin entwickelt sich immer mehr vom Naturliebhaber zum Wissenschaftler. Die Route führt über die Galápagosinseln und Tahiti nach Neuseeland und Australien, wo Darwin mit den Maori und den Aborigines zusammentrifft.
Vor allem das tragische Schicksal der australischen Ureinwohner bewegt den jungen Engländer. Beeindruckt und fasziniert nähert sich Darwin dem Gedanken des Existenzkampfs der Kreaturen, Tieren wie Menschen gleichermaßen. Die Erkenntnis dieses Kampfes ums Überleben wird Darwin auf den Weg zu seiner Evolutionstheorie bringen.

Januar 1836: Das britische Vermessungsschiff "HMS Beagle" verlässt Australien. Für Charles Darwin beginnt die letzte Etappe seiner fünfjährigen Reise rund um den Erdball. Doch zunächst sind der Indische Ozean und die Kokosinseln das Ziel. Dort ist Darwin fasziniert von den Korallen. Ausgelöst wurde diese Faszination durch die Theorie des berühmten Geologen Charles Lyell, dessen Bücher Darwin gelesen hat. Demnach ist die Erde viel älter als vermutet und verändert sich ständig. Wie alle Organismen, so entdeckt Darwin, befinden sich auch Korallen in ständigem Wettstreit mit anderen Organismen. Das Ergebnis dieses Jahrtausende währenden Existenzkampfes ist die Entstehung von Inseln und neuen Arten.
Am 2. Oktober 1836 kehrt Darwin nach England zurück. Der junge, zunächst auch naive Naturforscher hat sich in den vergangenen fünf Jahren verändert. Seine Erlebnisse auf der Inselwelt der südlichen Hemisphäre inspirieren ihn zu neuen revolutionären Ideen. Langsam beginnt er, an der christlichen Schöpfungsgeschichte zu zweifeln. Er arbeitet, inzwischen verheiratet mit seiner Cousine Emma und Vater von zwei Kindern, abgeschieden von der Außenwelt wie besessen an seiner Evolutionstheorie. Nur sein Kollege und Freund, der Botaniker Joseph Hooker, weiß um den explosiven Inhalt der Forschungsergebnisse Darwins. Religiöse Zweifel, persönliche Niederlagen und eine rätselhafte Krankheit stürzen ihn in eine tiefe Krise.

Trotz seiner Krankheit, die er sich auf seiner langen Seereise zum südlichen Pazifik zugezogen hat, arbeitet Charles Darwin weiter an der vielleicht erstaunlichsten Theorie aller Zeiten, dem Prinzip der natürlichen Auslese. Darwin durchlebt eine heftige familiäre Krise. Seine geliebte Tochter Annie leidet an einer lebensbedrohlichen Krankheit. Emma und Charles sind verzweifelt.
Als wäre dies nicht genug, erschüttert im Jahre 1844 eine Nachricht Darwins stilles Haus in Kent, südlich von London. Ein anonymer Autor hat ein eigenes Buch über die Evolution veröffentlicht - ein Schock für den inzwischen 40-jährigen Darwin. Doch das Buch erweist sich als unwissenschaftlich und fehlerhaft. Darwin wird bewusst, dass sein eigenes Werk weit besser und fundierter werden muss, als es bereits war.
Er weiß nicht weiter und wendet sich an seinen Freund Joseph Hooker. Den jungen Wissenschaftler, der ebenfalls eine abenteuerliche Reise zur Südhalbkugel unternommen hatte, bewundert Darwin und schätzt seinen kollegialen Rat. Darwin findet zurück zu seiner Arbeit und intensiviert seine Suche nach wissenschaftlichen Beweisen für seine Theorie.

Im Juni 1858 erhält Charles Darwin einen Brief von einem bis dato unbekannten Naturforscher, Alfred Russel Wallace. Dieser beschäftigt sich mit denselben Fragen wie Darwin. Wallace ist ein Idealist, ein Autodidakt ohne wissenschaftliches Fundament. Aber sein Brief ist für Charles Darwin Alarmzeichen und Weckruf zugleich. Darwin sucht den Rat seines Freundes und Kollegen, des berühmten Botanikers Joseph Hooker und seines Mentors Sir Charles Lyell. Hooker bringt einen neuen Kollegen und Unterstützer ins Spiel, Thomas Huxley, ein ebenso charismatischer wie scharfsinniger Mitstreiter. Das Trio um Darwin ist davon überzeugt, dass nur eine sofortige Veröffentlichung der Evolutionstheorie Darwins Urheberschaft sichern kann. Am 1. Juli 1858 versammeln sich die Mitglieder der Londoner Linné-Gesellschaft, einem weltweit führenden Gremium für Biologische Forschung. Sie ahnen nicht, dass sie Zeugen eines historischen Moments in der Geschichte der Naturwissenschaften werden.

Nach langen Jahren der Forschung, vielen Krisen und Zweifeln hat Charles Darwin mit Unterstützung seiner Freunde und Kollegen Charles Lyell, Joseph Hooker und Thomas Huxley das Manuskript "Entstehung der Arten" veröffentlicht. Diese Veröffentlichung, zunächst kaum wahrgenommen, ist allerdings erst der Anfang einer skandalösen Kontroverse um Charles Darwin und sein Werk. "Die Entstehung der Arten", im Original "The Origin of Species", ist nach kurzer Zeit ein Bestseller. 1860 diskutiert ganz England über das bahnbrechende Werk. Die Kernaussage, nach der sich die Erde und die darauf lebenden Arten seit ihrer Entstehung in einem ständigen Prozess der Wandlung befinden, ist eine ungeheure Provokation für die christliche Lehre, wonach die Erde, Mensch, Tier- und Pflanzenwelt von Gott so und nicht anders erschaffen wurden. In der Auseinandersetzung mit der die Wissenschaften dominierenden anglikanischen Kirche geht es um nichts weniger als um die Zukunft der Naturwissenschaft. Im Juni 1860 kommt es an der Universität Cambridge während einer Sitzung der britischen Vereinigung für die Weiterentwicklung der Wissenschaften zu einer heftigen Auseinandersetzung zwischen Unterstützern und Gegnern von Darwins Theorie. Vor allem die Freunde Joseph Hooker und Thomas Huxley verhelfen Charles Darwin mit ihrer leidenschaftlichen Unterstützung gegen das wissenschaftliche Establishment zum triumphalen Durchbruch.